Le Microbiote

 

Après une phase de silence scientifique sur  la flore intestinale ou microbiote dans l’étude des maladies digestives, de passionnantes révélations permettent d’envisager son importance dans certaines maladies métaboliques.

Définition du Microbiote

Le microbiote est l’ensemble des micro-organismes – bactéries, virus, parasites, champignons non pathogènes, dits commensaux – qui vivent dans l’intestin grêle et le colon : 2 à 10 fois plus que le nombre de cellules qui constituent notre corps, pour un poids de 2 kilos.  La mise au point des techniques de séquençage haut débit du matériel génétique ont donné un nouvel élan à cette recherche.  10^12 micro-organismes, dont des bactéries, virus, parasites et des champignons sont présentent dans la lumière du tube digestif. Il existe un socle commun de 15 à 20 espèces des 160 espèces de bactéries.Le microbiote d’un individu se constitue dès sa naissance, au contact de la flore vaginale après un accouchement par voie basse, ou au contact des micro-organismes de l’environnement pour ceux nés par césarienne.

Sous l’influence de la diversification alimentaire, de la génétique, du niveau d’hygiène, des traitements médicaux reçus et de l’environnement, la composition du microbiote intestinal va évoluer qualitativement et quantitativement pendant les premières années de vie. Ensuite, la composition qualitative et quantitative du microbiote reste assez stable. Des traitements médicaux, des modifications de l’hygiène de vie ou divers événements peuvent aussi modifier le microbiote, de façon plus ou moins durable. Par exemple, un traitement antibiotique réduit la qualité et la quantité du microbiote sur plusieurs jours à plusieurs semaines

 

 

 

 

 

Rôle du Microbiote

 

Il joue un rôle dans les fonctions digestive, métabolique, immunitaire et neurologique. Celui-ci  a été récemment et abondamment retrouvé dans la stéatose hépatique  et dans la  Stéato-Hépatite Non Alcoolique ou NASH, qui survient sur un syndrome métabolique et reste associé au diabète et à l’athérosclérose. Des études réalisées sur les souris et les humains ont clairement montré que ce microbiote influence le métabolisme de l’hôte, en jouant un rôle de «caloric gatekeeper», produisant des calories à partir de substrats nutritifs inaccessibles. Ainsi le microbiote de souris rendues génétiquement obèses a une importante capacité pour récolter et stocker de l’énergie à partir de la nourriture. Une alimentation, riche en graisses et sucres d’absorption rapide, favoriserait la composition de cette flore, alors riche en Firmicutes et pauvre en Bactéroïdetes, avec l’absorption de calories supplémentaires.

Les premières études chez la souris et l’homme ont montré que l’obésité était associée à une plus faible diversité bactérienne :  certains sujets  en surpoids présentent un respect de la diversité microbienne (flore riche et diverse) alors que d’autres présentent un microbiote appauvri (environ 20 à 40 %). Ces derniers ont le plus souvent un syndrome métabolique  avec des bactéries pro-inflammatoires que l’on commence à peine à identifier. La composition du microbiote évolue aussi après la chirurgie bariatrique  (by Pass) au moins à court et moyen terme avec en parallèle l’amélioration du syndrome métabolique.

 

Les probiotiques

Ma et collaborateurs ont réalisé un travail regroupant 4 études concernant les probiotiques, incluant VSL#3, abondamment testé dans les maladies chroniques intestinales,  lactobacillus, bifidobacterium et streptococcus, qui diminuent la perméabilité intestinale et le passage de toxines dans le sang ; ils  réguleraient l’extraction énergétique des nutriments et agiraient sur les cytokines pro-inflammatoires, ainsi que les gènes modulant le métabolisme des substrats. Ces probiotiques réduisent les transaminases, le cholestérol et l’insulino-résistance des patients porteurs d’une NAFLD.

Après avoir isolé une famille de bactéries appelée Christensenella minuta, Goodrich et ses collègues ont transplanté cette bactérie chez la souris germ-free et ont réussi à la protéger d’une prise de poids. Ceci ouvre la voie vers de futures manipulations bactériennes censées protéger les individus à risque d’obésité.

 

L’analyse de la composition du microbiote a également  révélé des variations majeures en fonction de la nature de l’alimentation.

  Les prébiotiques

 

Le rôle des prébiotiques (ingrédients non digestibles de la nourriture) commence ainsi  à se dessiner : ils réguleraient la croissance, l’activité et les métabolites des probiotiques. Les fructo-oligosaccharides joueraient ainsi un rôle important pour contrôler certaines bactéries coliques.  Des produits de fermentation digestifs, comme les acides gras à chaines courtes ou la production d’alcool dans la lumière colique, ont également  révolutionné  l’intérêt des probiotiques dans la  stéatose et la stéatohépatite

 

L’équipe de Judith Aron-Wisniewsky (Pitié-Salpêtrière), a ainsi  testé, en 2016, un changement diététique consistant en une réduction calorique, associée à un enrichissement en protéines, fibres et glucides. Elle  a montré des changements dans la composition du microbiote (augmentation de 30 % environ de la richesse bactérienne) chez les personnes obèses ou en surpoids. Ces changements de composition sont associés à des améliorations métaboliques et inflammatoires.

https://youtu.be/chQtQnLRXVg

 

En attendant des études contrôlées plus précises, l’adjonction de probiotiques naturels, de type  yaourts, à l’alimentation des patients porteurs d’une NASH  ne peut être que conseillée…

 

En somme, le microbiote a une responsabilité dans le stockage énergétique et certaines affections métaboliques. Le futur est à notre portée : modifier le microbiote pour proposer des traitements ciblés ou individualisés.

 

Pour aller plus loin

 

Ma YY, Li L, Yu et al. Effects of probiotics on nonalcoholic fatty liver disease:ameta-analysis. World J Gastroenterol 2013;19:6911-6918

Thorburn AN, Macia L, Mackay CR. Diet, metabolites, and « western-lifestyle » inflammatory diseases. Immunity. 2014; 40:833-842.

Alessandro Federico et al. Focus on emerging drugs for the treatment of patients withnon-alcoholic fatty liver disease. World J Gastroenterol 2014; 20(45): 16841-16857

Tilg H, Moschen AR. Food, immunity, and the microbiome. Gastroenterology. 2015;148:1107-1119.